Sejak berdiri sampai sekarang SMA Negeri 1 Nabire Papua telah menjali kerja sama baik dengan sesama Dinas Pendidikan Kabupaten maupun Provinsi Papua dan juga dengan pihak-pihak terkait demi menunjang optimalisasi proses belajar mengajar. Berikut ini adalah kerjasama yang dijalin antara lain dengan :

1. MKKS SMA Wilayah .....
   

2. Prakerin dengan beberapa Industri barang dan Jasa yang digunakan selama Prakerin Siswa

3. PT Telkom akses Indihom Internet
   

4. Dinas Pendidikan sebagai Kabupaten Nabire
   

5. PPAD Provinsi Papua di Jayapura